La acusación de Zapata hacia su antiguo compañero revolucionario, Carranza, se vuelve pública en su carta abierta de 1919 y dirigida al «Ciudadano Carranza», en la cual lo acusa de haber « aprovechado de la lucha para su propio beneficio y el de sus amigos que lo han ayudado. Después de haber repartido el botín, las riquezas, para realizar negocios, banquetes, fiestas suntuosas, bacanales y orgías.
Y prosiguió su acusación: «Usted no ha pensado jamás que la Revolución pudiese beneficiar al pueblo, a las legiones de oprimidos que usted ha alentado con sus discursos». En respuesta a esta acusación, Carranza organiza un plan para asesinar a Zapata.
En 1919, es convocado para una entrevista política en el curso de la cual un oficial federal, Jesús Guajardo, le ofrece tropas y apoyo para su campaña, dándole cita en una hacienda situada en un territorio dominado por el general revolucionario.
Según el relato de uno de los testigos (uno de los soldados), llegando al umbral, «a quemarropa y sin darle tiempo de sacar sus pistolas, los soldados que portaban armas tiraron dos salvas, y nuestro inolvidable general Zapata cayó para no levantarse jamás».
Con Zapata, a la edad de 39 años, se había apagado el más feroz defensor de los derechos de los indios mexicanos y de la Reforma Agraria.
Su ejemplo ha sido retomado, más recientemente en la actualidad, por el Sub Comandante Marcos a la cabeza del Ejército Zapatista de Liberación Nacional, que defiende los derechos de los indígenas de Chiapas.
